قسم العقاقير هو أحد الاقسام العلمية بكلية الصيدلة وقد أنشأ منذ قيام الكلية . يقوم القسم بتدريس كورسات عده لطلاب البكلاريوس تشمل النباتات الطبية وكيمياء النباتات الطبية وتخليق المواد الفعالة فى النباتات الطبية والنباتات السامه. حالياً يوجد بالقسم ثلاثه أساتذه من حملة الدكتوراه بوظائف أستاذ مشارك ومحاضر بدرجة الماجستير اضافة الى مساعدى التدريس . يقوم الأساتذه بالقسم بعدد من الأبحاث على النباتات الطبية السودانية المستخدمه فى الطب الشعبى بهدف فصل والتعرف على المواد الفعاله بتلك النباتات . القسم الان يحضر لادخال برامج الدراسات العليا.